そして同祖論は、日本と朝鮮は民族的に深い親縁関係があり、彼らが「天孫」「天孫族」と呼んでいた天皇家に代表される日本の古代支配層が朝鮮半島より渡来したという点において結論がほぼ一致していた。日本と朝鮮が民族的に親縁関係にあるというのも、日本の古代支配層の朝鮮半島渡来を前提にした主張であった。ただ、天皇家の祖先に代表される日本の古代支配層が朝鮮半島より渡来したという主張は保守的国体論者、神道家たちによる感情的反論が強かったために、この主張は最初からあいまいに表現され、同祖論が日本の朝鮮に対する併合と植民地支配を合理化するイデオロギーとして社会的に宣伝される中でこの点はさらにぼやけ、同祖論とは日本と朝鮮の親縁関係を説きながら、神話時代の日本の神々の朝鮮半島支配を主張し、任那日本府などに見られる日本と朝鮮に対する優位関係を説く論調として一般に認知された。

　「記紀」神話を歴史主義的に解釈したことも同祖論のひとつの特徴であり、同祖論が日本で古くから説かれてきたのも正にこの点によるものであった。すなわち、「記紀」の神話・伝説から歴史の痕跡を読み取ろうとした場合、必ずと言っていいほど民族起源論に関する議論が生まれ、天孫降臨神話など朝鮮半島と関連する伝承を根拠に天皇家の祖先に代表される日本の古代支配層の朝鮮半島起源説が説かれたのである。